遊戲一開始進入遊戲，出了門外，到達上方的草原，會被大木博士叫去研究所。
選一隻神奇寶貝吧！神奇寶貝有：妙蛙種子、小火龍、傑尼龜。
選完後，小茂會選擇剋你屬性，並跟你對戰。
打贏之後，走出研究所，再往北方走到一村莊內，到商店去，店老闆會給你一樣東西。
回到真新鎮，去研究所跟大木博士講話，他會給你神奇寶貝圖鑑。
跟小茂姊姊（右上方民宅），會給你地圖。
去上方的村莊，現在可以買寶貝球（200元）可收服神奇寶貝。
往左邊走，小茂會跟你對打。
再往上走，走到常盤森林。
常磐森林內有許多昆蟲類神奇寶貝，運氣好可以遇到皮卡丘，到達尼比市。
到達了尼比市，先去打完道館吧，這關道館是岩石系的。
上方研究所花50元可進去參觀，得到01（居和斬）砍樹
從後門進去可得化石（化石翼龍的）
右方道路使用神奇寶貝砍樹後進去，和建築物中的一人說話，會給你招式05（閃光）。
（神奇寶貝要10隻以上）
往右邊走，中途有些訓練家，打敗他們吧！
到達月見山，進去前先去神奇寶貝中心補個血。
月見山內可遇到以前尚未遇過的怪物，像「皮皮」等…。
內側可以得到一些道具，也會有許多訓練家。
到達最內側，打贏一個訓練家，可以拿化石。（化石盔或菊石獸）
出去月見山吧！
出了洞窟，再向東走，到達村莊。（注意：中途有技04（吹走），要記得拿取！）
先提昇等級，去挑戰第二個道館，勝利後，可得技11（泡沫光線）。
往北方24號道路走，會遇到競爭對手，得勝後繼續走，一路上有許多訓練家！
打敗他們吧！
走到海邊小屋，幫助那個人恢復成人類，他會給你船票；之後可以觀看神奇寶貝
伊布、雷精靈、水精靈和火精靈的資料。
接著道館從後面的房屋進去，和火箭隊對打，打贏得到技28（挖洞）
在往下在，中途會有飼育屋，可養育神奇寶貝，需要花錢。
往地下通道走，走出後到達6號道路。
往下走到枯葉市。
枯葉市中，有一間屋子，有個人會給你爛釣竿。（只能釣到鯉魚王）
去神奇寶貝俱樂部拿交換卷，回到華藍市的腳踏車店可交換腳踏車。
去港口坐船吧！
在船上有些訓練家，房間裡有些很好的道具：（08壓制、44睡覺）
走到二樓，會與宿敵小茂對戰。
之後去船長房間拿招式01（居和斬）。
拿到砍樹以後就可以到此村的道館去。
調查那些桶子會有反應，需連續兩次調查到正確的，
（先調查一個，如果對了另一個就在下面），館主的門才會打開。
可先去地鼠洞穴抓一些地鼠，出去後可往下走去拿招式05（閃光）（需10隻神奇寶貝）
回到華籃市，將東邊的樹砍倒，向東行，到達最東邊，有一個神奇寶貝中心，
旁邊是黑暗洞窟。
而下方的無人發電廠，等學會了游泳再去，內有閃電鳥。
黑暗洞穴使用閃光來照亮。
通過黑暗洞窟，向南行，即可到達幽靈鎮，村莊有一棟很大建築物是神奇寶貝靈骨塔，
先別進去，向西走，到了一間有地道的屋子，穿越後可到達一座大城市。
此處有一間百貨公司，可以購得許多重要道具。
到樓頂去買飲料！三種都買，再跟旁邊的女孩談話，會給你技13、48、49，
至於要通過東邊，買最便宜的就可以了。
注意一下有一個公寓，這棟屋子有後門！走後門進去可拿到伊布，
使用水之石、雷之石、火之石可以分別變化成三種神奇寶貝。
百貨公司的員工會給18（還擊）。
這裡有遊樂場，獎品豐富，但是遊戲之前，先去食堂拿金幣盒，才可遊戲。
跟遊樂場內部海報對話，會和火箭隊的人對戰，打贏之後再檢查海報，發現祕密通道。
祕密通道是通往火箭隊祕密基地的。
下樓去，清除掉各樓層的火箭隊。注意B4有個站在桌子旁的火箭隊，
打倒他可得他身旁的電梯鑰匙。
坐電梯到B4去，打倒阪木老大，可拿到可看到精靈眼鏡。
再坐到B1，打倒火箭隊門會打開。
備註：這裡可以拿到月之石、07（尖角鑽）可以把對手一擊必殺喔～
出去吧！去打道館，這關道館是草系的！打敗他吧！
回神奇寶貝塔去，往樓上爬，清除各樓層的敵人，競爭對手小茂也會出現，
五樓有個可讓神奇寶貝回復力量的地方，到樓頂跟一老人交談後回到他家中。
（上樓之前遇到的嘎拉嘎拉，是抓不到的）
老人會給你笛子，可喚醒沉睡的卡比獸。
（只有兩隻）不過笛子也可以在神奇寶貝睡著時使用，可喚醒牠們。
再回到彩虹市去，北邊兩個道館，左邊的沒人擋住，可以先打發掉。
戰勝後，館主後方有兩隻神奇寶貝沙瓦郎和艾比郎，只能二選一。
接著到達下方大樓，可先去五樓拿鑰匙，開門到達最上層。
會和小茂對戰。
對戰完別忘了去拿乘龍。
之後，進入最裡層，會和阪木老大戰鬥，打贏後，
跟坐在沙發上的人交談，可得『首領球』。
順便把剩下的道館給解決掉吧！
往左邊民宅使用居和斬進入，會有人給你招式02（飛天）！
再往左邊腳踏車道前進，會有一隻卡比獸，叫醒牠後，
打敗牠或收服牠，到達石竹市。
石竹市有狩獵廣場！進去會花500元！
狩獵廣場最深處，有金牙和招式03（踏浪）。
把金牙拿去給石竹市裡的園長，他會給你04（怪力）。
去打道館吧！這關道館是毒系的～小心應戰！
以踏浪的技巧游過19號水道，到達雙子島，進入島上洞窟，
以你的智慧將大石推來推去解謎吧！
此洞中有傳說之鳥─急凍鳥可抓，不過也很難到手。
通過此洞後再游過20號水道，來到一個紅蓮島。此處有一間神奇寶貝化石研究所，
將你身上擁有的化石交給某位研究員，拿給他後，出去進來拿即可讓化石復活哦！
前往神奇寶貝火焰塔，主要的目的是為獲取進入此鎮道館鑰匙。重點是有很多的雕像，
調查即可扳動機關打開通道。
在神奇寶貝火焰塔獲得鑰匙以後，就可以去解決道館中的訓練師了。
他主要是用火屬性的神奇寶貝，只要帶幾隻水屬性的就所向披靡了！
戰勝後，剩一個道館了，游過21號水道，回到了真新鎮。再向北到常磐市後，
去把原本無法進入的道館解決掉吧！打完後，向西轉入22號道路，
此時又會遇到討厭的競爭對手，把他解決掉，往23號道路入口前進。
在往北走的路途中，會有許多守衛檢查你的徽章，一一通過後，到達最後一個洞窟，
這裡又有許多討厭的大石頭了，趕快解開這個謎吧！此處的挑戰者們都相當強，
不過只要帶著水、冰、超能力的神奇寶貝應該就沒問題！
還有，這裡有火焰鳥可以抓哦！不過，也很難到手…。
通過以後，來到最終決戰場所了！
在前面等著你的是超強的四大天王和已經蛻變的競爭對手！
需注意的事情是一旦進入以後就無法出來恢復體力，只能靠你的道具來救自己了，
所以要記得先將狀態調整好哦！
還有，別忘了打完每個天王後都要檢查一下體力夠不夠哦！
加油吧！打贏最後四天王和小茂，你就是贏家了！
全破之後，別忘了去挑戰華藍市左邊的華藍洞窟，內有超夢，用首領球或高級球捕捉！
